三亚市南繁科学技术研究院是三亚市人民政府直属正处级公益一类科研事业单位。2020年12月11日，被科技部、中宣部、中国科协评为全国科普工作先进集体。2005年4月，为了充分挖掘国家南繁育制种资源优势，建立南繁事业地方科技配套支持服务体系；同时为提升科技成果创新与成果转化能力，建设热带特色现代农业科技支撑平台，市政府批准将原市农业生物技术研究发展中心、市科学技术服务中心、市热带瓜果研究中心和市科学技术情报研究所等4家事业单位合并组建成南繁科学院。2021年3月，协同共建国家耐盐碱水稻技术创新中心。

南繁科学院学科和组织建设基本完善，设立办公室（下设财务室和图书馆）、科研与项目管理中心、项目发展办公室、南繁育制种工程实验室（下设水稻研究室）、设施农业研究中心、南繁瓜菜研究中心、南繁植保研究中心、南繁林业研究中心（下设组培研究室）、南繁土肥与区划研究中心、农产品加工研究中心、海洋水产研究中心和热带果树研究中心等12个部门。现有建筑面积17000平方米，拥有近1200亩的科研试验基地，105亩的建设用地。